La fouille du site du Mirgissa a commencé effectivement le 6 octobre 1962 et s'est poursuivie pendant sept campagnes successives jusqu'au 10 janvier 1969. En raison des circonstances exceptionnelles créées par la construction du nouveau barrage d'Assouan, la fouille n'a pas pu se dérouler selon un plan méthodique, secteur par secteur, comme cela aurait été le cas si nous n'avions été certain de disposer de tout notre temps. Il a fallu, à chaque campagne, aller au plus pressé, chaque nouvelle découverte déterminant et modifiant l'ordre des opérations. Le fait essentiel restant la montée imminente des eaux, il s'agisait, à chaque campagne, de fouiller au plus vite, avant leur disparition possible, les parties les plus importantes pour l'histoire et l'archéologie. Il y a donc eu, et cela était inévitable en raison de l'étendue même du site, des choix opérés dont je suis responsable: certaines parties du site n'ont pas été - et ne pouvaient pas être - entièrement fouillées. C'est ainsi, entre autres, que l'ensemble de la ville fortifiée, dans la plaine comme sur les hauteurs, n'a été exploré que par sondages et que seule la moitié du site chrétien le long du fleuve a été dégagée. Toutefois, grâce aux méthodes d'exploration géomagnétique, nous sommes sûr de n'avoir rien laissé d'important dans ces zones. La seule partie du site que nous regrettons de n'avoir pu entièrement dégager est celle de l'enceinte inférieure de la grande forteresse: atteignant et dépassant 7 mètres d'épaissur, la masse de sable qui la recouvrait ne nous a permis que d'en fouiller une partie. Là aussi, cependant, la prospection géomagnétique est venue, jusqu'à un certain point, compléter ce qu'il était impossible d'entreprendre à moins de négliger complétement le reste du site. En contrepartie de ces lacunes inévitables, les éléments les plus importants du site, tant du point de vue historique qu'archéologique, ont été intégralement explorés, je veux parler de l'intérieur de la forteresse haute, du système d'enceintes septentrionales, de la ville "ouverte" et du dépôt de textes d'éxecration.