Thomas Ammer est né en 1937 à Eisenberg. Il suit des études de médecine à Iéna de 1955 à 1958, tout en étant membre du Cercle d'Eisenberg de 1953 à 1958. Ses actions de résistance lui valent d’être condamné à 15 ans de réclusion. Il est libéré au bout de 6 ans après avoir été « racheté » par la République fédérale. Des années 1970 à la fin des années 1990, il travaille dans différentes institutions ouest-allemandes dédiées à l’éducation civique et politique parmi lesquelles la Bundeszentrale für politische Bildung.